一、澎湖南方四岛国家公园位于澎湖南方海域望安屿及七美屿以东的位置，范围界于东经119°27'51"至119°43'04"、北纬23°12'05"至23°19'28"间，总面积为35,843.62公顷、海域面积35,473.33公顷、陆域面积370.29公顷。

二、范围内有四个主要岛屿：东吉屿、西吉屿、东屿坪屿、西屿坪屿，以及数个小型岛礁：锄头屿、头巾、铁砧、二塭、香炉、猪母礁、钟仔、柴埯塭、离塭仔等。