國家公園法第三條、第五條規定，國家公園主管機關為內政部，下設國家公園管理處。又依據國家公園管理處組織準則第一條、第三條、第四條與第五條規定，國家公園管理處隸屬內政部國家公園署，管理處置處長一人，副處長一人，秘書一人；依行政院核定之海洋國家公園管理處辦事細則，設置企劃經理科、環境維護科、保育研究科、解說教育科、行政室及東沙管理站

　　有關海洋環境保護和漁業資源之維護事項，因行政院海岸巡防署(107年4月28日組改為海洋委員會海巡署)已有編制人員在東沙海域執行此項任務，為節省人力並避免任務重疊，暫不考慮設置東沙環礁國家公園警察隊，由海巡署依照現有法令與計畫，執行東沙環礁國家公園海域資源保護管理業務；澎湖南方四島國家公園則由保七總隊第七大隊，協助保育執法工作。

聯絡方式 

各課室聯絡方式
處長	07-3601896	主計機構	07-3601869
副處長	07-3601896	人事機構	07-3601867
秘書	07-3601896	東沙管理站	07-2771006
行政室	07-3601853	志工服務台	07-3601882
企劃經理科	07-3601855	東吉遊客中心	06-9991109
環境維護科	07-3601857	東吉環教中心	06-9991109
保育研究科	07-3601863	嶼坪遊客中心	06-9991523
解說教育科	07-3601878	馬公服務中心	06-9266829