施政計畫
海洋型國家公園系統規劃與建置計畫
行政院函示：「本處應統籌東沙環礁及其他可能評估設立之綠島、北方三島及澎湖群島等島嶼型或海洋型國家公園，以收整合管理之效。」現除持續經營管理東沙環礁國家公園與推動公告成立之澎湖南方四島國家公園計畫外，本處亦對臺灣其他潛在海洋型國家公園辦理資源調查、研究與規劃，以妥善建構海洋國家公園系統，擴大臺灣海洋保護區的面積，實現海洋保育之國際責任。
生態資源保育與復育計畫
持續推動東沙環礁國家公園與澎湖南方四島國家公園自然及人文資源之調查、研究與監測工作，建立長期生態研究網絡，深化海洋生態多樣性保育；藉由建立生物復育示範區，計畫性地進行人工復育原生物種，恢復已遭破壞或瀕臨滅絕的重要生態及族群。
國際海洋研究合作與在地參與計畫
為促進國際合作交流機會，吸引國內、外研究團隊進行海洋相關研究，藉由國際海洋研究站設立，提昇海洋科學研究能量，彰顯我國保育海洋資源努力，為南海和平發展及區域合作立下典範；國家公園永續經營管理的基礎，需要建立在資源管理者與資源利用者的合作與共識上，利用諮詢會與權益關係人參與，形成參與式經營管理機制，實現在地永續經營發展的願景。
環境保育觀念提升與人才培育計畫
東沙環礁國家公園、澎湖南方四島國家公園及臺灣其他島嶼海域自然資源調查所累積長期監測、研究資料，除可供科學研究外，亦可提供環境教育及未來發展生態旅遊之規劃題材，管理處亦將推動海洋環境教育，促進國人親近海洋及愛護海洋；藉由營造學習環境，培訓環境教育和解說人才、舉辦宣導體驗活動，培育保育人才、進行長期生態研究，培育海洋科技人才。
生態旅遊活動推廣與遊憩資源管理計畫
以海洋生物多樣性保育、社區共同參與、自主管理、自然資源的永續利用為原則，規劃在地適宜性活動，推動具有環境責任感、保育自然環境與當地住民合作為目標的「國家公園生態旅遊」；為了維護國家公園區域內遊憩品質與安全環境，遊憩資源管理包括：生態旅遊資源整備、應用研究與監測及遊憩系統分級制度設計等管理工作，塑造國家公園特有的遊憩資源。