澎湖南方四岛国家公园之组织编制由于尚未经行政院核定通过，目前暂未设置管理站，然而为执行现地环境保护、资源保育、环境教育与经营管理等工作，故由本处先行调派相关人员驻岛，并于东吉屿设置「东吉游客服务中心」、东屿坪屿设置「屿坪游客服务中心」，提供解说资讯、展示室及休息空间等服务。