澎湖南方四島國家公園之組織編制由於尚未經行政院核定通過，目前暫未設置管理站，然而為執行現地環境保護、資源保育、環境教育與經營管理等工作，故由本處先行調派相關人員駐島，並於東吉嶼設置「東吉遊客服務中心」、東嶼坪嶼設置「嶼坪遊客服務中心」，提供解說資訊、展示室及休息空間等服務。