为统筹东沙环礁及评估各岛屿或潜在海洋型国家公园等业务整合管理之效，依行政院95年12月指示，管理组织应朝向合并设立一处「海洋国家公园管理处」，故「东沙环礁国家公园」（民国96年公告成立）及「澎湖南方四岛国家公园」（民国103年公告成立）均属「海洋国家公园管理处」所管理，有别于其他国家公园采「一处一园区」的管理模式。亦言之，「海洋国家公园管理处」为一行政机关，「东沙环礁国家公园」及「澎湖南方四岛国家公园」则分别为我国第7座及第9座国家公园。