為統籌東沙環礁及評估各島嶼或潛在海洋型國家公園等業務整合管理之效，依行政院95年12月指示，管理組織應朝向合併設立一處「海洋國家公園管理處」，故「東沙環礁國家公園」（民國96年公告成立）及「澎湖南方四島國家公園」（民國103年公告成立）均屬「海洋國家公園管理處」所管理，有別於其他國家公園採「一處一園區」的管理模式。亦言之，「海洋國家公園管理處」為一行政機關，「東沙環礁國家公園」及「澎湖南方四島國家公園」則分別為我國第7座及第9座國家公園。