内政部国家公园署海洋国家公园管理处为政府机关，其经费来源系依据政府相关法令（如预算法等），为达成业务职掌之施政方针，编列年度预算，经主管机关审核后送立法院审议，通过后再据以执行各项海洋资源保育研究、调查、监测，以维护海洋生态多样性，促进海洋生物资源永续利用。