內政部國家公園署海洋國家公園管理處為政府機關，其經費來源係依據政府相關法令（如預算法等），為達成業務職掌之施政方針，編列年度預算，經主管機關審核後送立法院審議，通過後再據以執行各項海洋資源保育研究、調查、監測，以維護海洋生態多樣性，促進海洋生物資源永續利用。