本处106年度委讬国立台湾海洋大学陈义雄教授及李明安教授团队进行澎湖南方四岛国家公园鱼类资源调查，经由海域潜水、潮间带及渔业调查方式，鱼种纪录由原有的383种增为476种，新增93笔鱼种纪录，另外也发现澎湖海域许久未见的保育类-曲纹唇鱼(龙王鲷)，更观察到银纹笛鲷鱼群在此聚集产卵的现象，突显澎湖南方四岛海洋生物种原库的特色。
本计划以潜水、潮间带采集及渔业调查等方式进行，新增的93笔鱼种纪录，包含天竺鲷科、鲉科、三鳍鳚科、虾虎科、笛鲷科、鮨科鱼类等，并有1种世界新种矶鰕虎(Eviota)以及4种台湾海域的新纪录鱼种矶鰕虎，分别为黄鳍矶鰕虎、益田氏矶鰕虎、红斑矶鰕虎、唇腹瓢鰕虎，而澎湖海域许久未见的曲纹唇鱼也在南方四岛海域发现，曲纹唇鱼是全世界最大的珊瑚礁鱼类，最大体长可达2公尺以上，目前台湾仅出现在垦丁、绿岛及兰屿海域，因此特别引人注意。此外银纹笛鲷、乌尾冬、三线矶鲈、鲹鱼等经济性鱼类大量群聚的震撼画面也出现在此，该团队更曾在105年夏季记录到银纹笛鲷的聚集产卵的现象，四岛海域是否为其它经济性鱼类重要产卵场所则仍需继续调查。
澎湖南方四岛汇集了台湾南北不同的鱼类群聚，除以霓红雀鲷、耳带蝶鱼等南方鱼种为主，八带蝶鱼、柴鱼(条纹蝶)、尾斑光鳃雀鲷、三线矶鲈等常见的北方代表性鱼种亦可在南方四岛海域观察到，而经济性鱼种则有两种生态类型，福氏鹦哥鱼及多带海绯鲤鱼种等偏好珊瑚礁区域，双带鳞鳍乌尾鮗、黄鳍刺尾鲷、褐斑刺尾鲷、三线矶鲈、银纹笛鲷及胡椒鲷等鱼类，皆较偏好于强流区湧升流与涨退潮强流区，可能与偏好该生态系中提供之食物量来源有关。调查也发现在岛屿周边的珊瑚礁区鱼类多样性较高，其中又以东吉屿最佳，但鱼类数量均偏低，数字透露环境对生物仍有极大压力。
澎湖南方四岛国家公园是我国第二座海洋型国家公园，海域之珊瑚礁生态系是台湾珊瑚礁健康状况最佳且最值得保育的区域之一，也是澎湖北部海域海洋生态之种原库，生态资源丰富而珍贵，国家公园的成立，蕴藏许多人的期望，皆需透过在地居民的支持与国人的共同维护，才能永续经营。
保育研究课