本處106年度委託國立臺灣海洋大學陳義雄教授及李明安教授團隊進行澎湖南方四島國家公園魚類資源調查，經由海域潛水、潮間帶及漁業調查方式，魚種紀錄由原有的383種增為476種，新增93筆魚種紀錄，另外也發現澎湖海域許久未見的保育類-曲紋唇魚(龍王鯛)，更觀察到銀紋笛鯛魚群在此聚集產卵的現象，突顯澎湖南方四島海洋生物種原庫的特色。
本計劃以潛水、潮間帶採集及漁業調查等方式進行，新增的93筆魚種紀錄，包含天竺鯛科、鮋科、三鰭鳚科、蝦虎科、笛鯛科、鮨科魚類等，並有1種世界新種磯鰕虎(Eviota)以及4種臺灣海域的新紀錄魚種磯鰕虎，分別為黃鰭磯鰕虎、益田氏磯鰕虎、紅斑磯鰕虎、唇腹瓢鰕虎，而澎湖海域許久未見的曲紋唇魚也在南方四島海域發現，曲紋唇魚是全世界最大的珊瑚礁魚類，最大體長可達2公尺以上，目前台灣僅出現在墾丁、綠島及蘭嶼海域，因此特別引人注意。此外銀紋笛鯛、烏尾冬、三線磯鱸、鰺魚等經濟性魚類大量群聚的震撼畫面也出現在此，該團隊更曾在105年夏季記錄到銀紋笛鯛的聚集產卵的現象，四島海域是否為其它經濟性魚類重要產卵場所則仍需繼續調查。
澎湖南方四島匯集了臺灣南北不同的魚類群聚，除以霓紅雀鯛、耳帶蝶魚等南方魚種為主，八帶蝶魚、柴魚(條紋蝶)、尾斑光鰓雀鯛、三線磯鱸等常見的北方代表性魚種亦可在南方四島海域觀察到，而經濟性魚種則有兩種生態類型，福氏鸚哥魚及多帶海緋鯉魚種等偏好珊瑚礁區域，雙帶鱗鰭烏尾鮗、黃鰭刺尾鯛、褐斑刺尾鯛、三線磯鱸、銀紋笛鯛及胡椒鯛等魚類，皆較偏好於強流區湧升流與漲退潮強流區，可能與偏好該生態系中提供之食物量來源有關。調查也發現在島嶼周邊的珊瑚礁區魚類多樣性較高，其中又以東吉嶼最佳，但魚類數量均偏低，數字透露環境對生物仍有極大壓力。
澎湖南方四島國家公園是我國第二座海洋型國家公園，海域之珊瑚礁生態系是臺灣珊瑚礁健康狀況最佳且最值得保育的區域之一，也是澎湖北部海域海洋生態之種原庫，生態資源豐富而珍貴，國家公園的成立，蘊藏許多人的期望，皆需透過在地居民的支持與國人的共同維護，才能永續經營。
保育研究課