本处为掌握潜在海洋型国家公园珊瑚生长状况，与中央研究院生物多样性中心共同办理2009年珊瑚礁总体检。本年度珊瑚礁总体检调查范围为东北角海域(分为 5/9、5/23二梯次)、兰屿(6/20)及绿岛(6/6)、澎湖东西屿坪(7/17~7/20)、小琉球(9/18~9/19)及台东海岸(8 /22~23)，活动过程中将由中央研究院生物多样性中心科学指导员按照珊瑚礁总体检总部所颁布之标准调查方式，协助指导参与之潜水志工，采用穿越线调查法，调查范围内之鱼类、无脊椎与底质种类与分布。期望借由此次调查结果了解台湾周边海域珊瑚礁健康状况，并提升国人对珊瑚礁海域的保育观。