本處為掌握潛在海洋型國家公園珊瑚生長狀況，與中央研究院生物多樣性中心共同辦理2009年珊瑚礁總體檢。本年度珊瑚礁總體檢調查範圍為東北角海域(分為 5/9、5/23二梯次)、蘭嶼(6/20)及綠島(6/6)、澎湖東西嶼坪(7/17~7/20)、小琉球(9/18~9/19)及台東海岸(8 /22~23)，活動過程中將由中央研究院生物多樣性中心科學指導員按照珊瑚礁總體檢總部所頒布之標準調查方式，協助指導參與之潛水志工，採用穿越線調查法，調查範圍內之魚類、無脊椎與底質種類與分布。期望藉由此次調查結果了解台灣周邊海域珊瑚礁健康狀況，並提升國人對珊瑚礁海域的保育觀。