海洋国家公园管理处（以下简称海管处）与社团法人高雄市野鸟学会（以下简称高雄鸟会）于99及100年合作进行东沙岛过境鸟类生态监测调查暨系放研究，累计两年的调查，在东沙岛记录到鸟类达257种，这可是台湾鸟种纪录601种的43％之多。东沙岛面积仅约1.74平方公里，不到台湾土地面积的2万分之1，如此小的岛屿，却拥有这么高的鸟种密度，可说是另类的东沙奇蹟！
东沙岛位于南中国海北端，系此区域唯一长年露出海面的岛礁。东沙岛面积虽小，但位于东亚-澳洲候鸟迁徙路径上，且拥有树林、沙滩、潟湖等多样的栖地类型，有如荒漠中的绿洲般，让南来北往的候鸟们能在此栖息、觅食、饮水以补充体力，是长途迁徙中的重要休息站。是以，东沙岛鸟类族群以过境鸟为主要组成，在每年4、5月及9、10月鸟类迁徙季节，是东沙鸟类生态最丰富时节。
东沙岛鸟类大部分集中在过境期出现，有种类多但数量少的特色，是典型的迁徙型态，岛上目前仅白腹秧鸡有繁殖行为，并且曾记录到雏鸟，鸟类生态习性与台湾本岛大不相同。在台湾本岛相当普遍的某些留鸟，如红鸠、大卷尾、白头翁、绿绣眼等，在东沙岛仅有过境、越冬的纪录；而相对的，有些鸟种如乌鹃、噪鹃、短嘴金丝燕、普通夜鹰、北椋鸟、发冠卷尾等，在台湾并不常见或十分稀少，在东沙岛却有稳定的过境族群。另外往来于东北亚、东南亚间，主要在台南曾文溪口渡冬的黑面琵鹭，也曾飞到东沙岛，在冬日的骄阳下享受着戏水之乐。
调查团队亦进行了系放研究，将捕捉的水鸟套上代表东沙岛之足旗后再野放，而根据鸟类足旗目视纪录以了解鸟类之迁徙状态。调查团队观察到往年在东沙岛上系放的翻石鹬会再回到东沙岛，而东沙岛所系放之红胸滨鹬在澳洲被目击；另外，东沙岛上也记录到来自西北澳、东南澳、南澳、新西兰北岛、阿拉斯加及大陆崇明岛等处系放的水鸟；这些发现证实了东沙岛为东亚候鸟迁移路径之重要地位。
鸟类是东沙环礁国家公园很重要之生态资源与特色，海管处结合高雄鸟会，于2010年签订「鸟类生态保育合作协议书」，共同执行「东沙岛过境鸟类生态监测暨系放调查」计画，于每年的春季及秋季在东沙岛上进行过境鸟类的生态调查及系放，希望借由长期的调查纪录，构建东沙岛鸟类与栖地环境的关系，以营造对鸟类更友善的生态环境。

唯一在东沙岛有繁殖纪录的白腹秧鸡（海管处洪登富摄）	大陆崇明岛足旗（上黑下白）的三趾滨鹬（高雄鸟会提供）
在东沙发现系有代表东南澳足旗（上橘）的翻石鹬（高雄鸟会提供）	翻石鹬为东沙岛最大的鸟类族群。可有注意到中间有一只系有代表东沙岛足旗（上白下蓝，蓝旗削斜角）？（高雄鸟会提供）
在台湾极为稀有之北椋鸟，在东沙岛有稳定之过境族群（高雄鸟会提供）	在东沙岛潟湖里戏水的的娇客-黑面琵鹭（海管处洪登富技士摄）