海洋國家公園管理處（以下簡稱海管處）與社團法人高雄市野鳥學會（以下簡稱高雄鳥會）於99及100年合作進行東沙島過境鳥類生態監測調查暨繫放研究，累計兩年的調查，在東沙島記錄到鳥類達257種，這可是台灣鳥種紀錄601種的43％之多。東沙島面積僅約1.74平方公里，不到台灣土地面積的2萬分之1，如此小的島嶼，卻擁有這麼高的鳥種密度，可說是另類的東沙奇蹟！
東沙島位於南中國海北端，係此區域唯一長年露出海面的島礁。東沙島面積雖小，但位於東亞-澳洲候鳥遷徙路徑上，且擁有樹林、沙灘、潟湖等多樣的棲地類型，有如荒漠中的綠洲般，讓南來北往的候鳥們能在此棲息、覓食、飲水以補充體力，是長途遷徙中的重要休息站。是以，東沙島鳥類族群以過境鳥為主要組成，在每年4、5月及9、10月鳥類遷徙季節，是東沙鳥類生態最豐富時節。
東沙島鳥類大部分集中在過境期出現，有種類多但數量少的特色，是典型的遷徙型態，島上目前僅白腹秧雞有繁殖行為，並且曾記錄到雛鳥，鳥類生態習性與台灣本島大不相同。在台灣本島相當普遍的某些留鳥，如紅鳩、大卷尾、白頭翁、綠繡眼等，在東沙島僅有過境、越冬的紀錄；而相對的，有些鳥種如烏鵑、噪鵑、短嘴金絲燕、普通夜鷹、北椋鳥、髮冠卷尾等，在台灣並不常見或十分稀少，在東沙島卻有穩定的過境族群。另外往來於東北亞、東南亞間，主要在台南曾文溪口渡冬的黑面琵鷺，也曾飛到東沙島，在冬日的驕陽下享受著戲水之樂。
調查團隊亦進行了繫放研究，將捕捉的水鳥套上代表東沙島之足旗後再野放，而根據鳥類足旗目視紀錄以瞭解鳥類之遷徙狀態。調查團隊觀察到往年在東沙島上繫放的翻石鷸會再回到東沙島，而東沙島所繫放之紅胸濱鷸在澳洲被目擊；另外，東沙島上也記錄到來自西北澳、東南澳、南澳、紐西蘭北島、阿拉斯加及大陸崇明島等處繫放的水鳥；這些發現證實了東沙島為東亞候鳥遷移路徑之重要地位。
鳥類是東沙環礁國家公園很重要之生態資源與特色，海管處結合高雄鳥會，於2010年簽訂「鳥類生態保育合作協議書」，共同執行「東沙島過境鳥類生態監測暨繫放調查」計畫，於每年的春季及秋季在東沙島上進行過境鳥類的生態調查及繫放，希望藉由長期的調查紀錄，構建東沙島鳥類與棲地環境的關係，以營造對鳥類更友善的生態環境。

唯一在東沙島有繁殖紀錄的白腹秧雞（海管處洪登富攝）	大陸崇明島足旗（上黑下白）的三趾濱鷸（高雄鳥會提供）
在東沙發現繫有代表東南澳足旗（上橘）的翻石鷸（高雄鳥會提供）	翻石鷸為東沙島最大的鳥類族群。可有注意到中間有一隻繫有代表東沙島足旗（上白下藍，藍旗削斜角）？（高雄鳥會提供）
在台灣極為稀有之北椋鳥，在東沙島有穩定之過境族群（高雄鳥會提供）	在東沙島潟湖裡戲水的的嬌客-黑面琵鷺（海管處洪登富技士攝）