出版品
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岛屿之歌: 澎湖南方四岛手护之路
澎湖南方四岛国家公园在步道志工帮助下，2020至2022年期间完成东屿坪屿前山步道、东吉屿八卦山步道及东宫步道。3条风景截然不同的路线，串起了岛上的节点、地景，以及人与土地的情感，岛上居民也获得鼓励，增添未来推动生态旅游的信心。走在步道，我们对过去的文化及历史有更深的理解，也对国家公园尊重自然的精神与价值，有进一步的体会。
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澎湖南方四岛大型甲壳动物解说手册
澎湖南海，东吉屿、西吉屿、东屿坪屿及西屿坪屿周边海域生态资源丰富，在103年正式公告成立为我国第9座国家公园。本书由国立海洋生物博物馆林嘉玮研究团队，深入潮间带与亚潮带寻找各种甲壳动物，并将调查成果以图文并茂方式，汇整成书，希望能将各种生态之美介绍给读者。
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澎湖南方四岛国家公园海洋环境教育方案(国小4-6年级/一般大众/亲子)
本手册延续先前认识澎湖南方四岛之体验课程，将岛屿资源特色整合成4套课程，包含：透过掷骰走格的任务，模拟从马公出发前往澎湖南方四岛国家公园路线的「漫游四岛」；在低光害的场域进行「东吉定向追星趣」，享受国家公园静谧的星空之美；「四岛奇景玄武岩」则透过实地之特殊地景来了解玄武岩的形成及岛民生活上的运用；以及利用五感与观察，了解岛屿植物生命韧性的「东吉植物探」。一系列以岛屿为主轴的课程设计，希望让使用者可以透过不同的主题来认识澎湖南方四岛国家公园，也欢迎大家能前进到岛上，一同感受真实的海洋生态、地形景观与历史人文。
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海底的移动堡垒: 澎湖南方四岛国家公园棘皮动物图鑑
介绍澎湖南方四岛国家公园范围内之棘皮动物。
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澎湖南方四岛鸟类生态解说手册
针对澎湖南方四岛国家公园内过境鸟种依季节进行解说介绍。
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澎湖南方四岛国家公园鱼类生态图鑑
介绍澎湖南方四岛国家公园海域范围内之鱼类。
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他乡‧故乡─澎湖南方四岛纪行
澎湖南方四岛这个地方，涵养着各式各样的人们，有些人土生土长于此，有些人则是在某个生命的十字路口上，开始与这些岛屿有所交集，并用自己的姿态生活在其中．随着澎湖南方四岛国家公园成立之后，岛上的原乡人与国家公园之间的互动，亦是彼此全新的课题与学习．作者吴明翰将透过《 他乡、故乡 》澎湖南方四岛纪行一书，为您介绍台湾第九座国家公园：澎湖南方四岛国家公园里人与土地的故事之外，也将透过四部岛屿人文报导短片，介绍这座国家公园里工作的日常，并分享如何与乡亲合作，携手留住岛屿文化记忆背后的故事。
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澎湖南方四岛海洋生物简册增修版：藻类、无脊椎动物
本书介绍澎湖南方四岛国家公园内150种常见海洋生物，并以照片、手绘方式呈现细节，以利民众快速分辨相似物种。
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野有蔓草：澎湖南方四岛植物图鑑
澎湖南方四岛拥有壮丽的地质景观与丰富的海洋生态，亦保有具特色的传统建筑风貌，近年吸引了许多游客寻幽探访。在这些造访之中，想必游客们都会在蹊径小路或通往东吉灯塔的步道旁，遇见当地美丽且特殊的植物，未必都能留待细看。根据我们近年来的研究，在澎湖南方四岛国家公园中，共记录64科178属268种植物，其中包刮162种原生种。尽管是环境严峻的蕞尔小岛，但许多物种仍然生生不息，只要我们肯放慢脚步，仔细观察海滨沙地、方山岩等不同环境下的植物，就能领略其生存的本领及智慧。
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潜往东沙环礁
介绍东沙环礁国家公园适合浮潜及潜水的地点，及各潜点的潜场等级、地理环境、特色生物、海流、适合停留时间、GPS位置及安全注意事项等相关资讯。