珊瑚骨骼中的硼同位素比值可做为海水pH值代用指标，可记录过去百年来海洋酸碱值变化。珊瑚骨骼中硼同位素组成可用以估算台湾周遭海域海洋pH值，本次研究澎湖南方四岛国家公园东吉屿的微孔珊瑚（Porites, sp.），采集之珊瑚骨骼生长于1990~2008，珊瑚骨骼生长速率约为1.08公分/年。使用X-ray影像拍摄设珊瑚骨骼切片，夏季生长速率高于冬季，因此骨骼密度较高(暗带)，所观察的明暗带辨识此珊瑚骨骼生长轮纹。1999年~2005年澎湖东吉屿珊瑚骨骼硼同位素组成δ11 B分布从24.9‰至26.7‰，对比附近海水测站pH资料建立澎瑚地区珊瑚骨骼硼同位素与海水pH值的关系公式(α=1.0194)。并估算出变化范围在pH= 8.1~8.3。夏天硼同位素比值较低指示pH较低。未来将可应用于计算硼瑚长时间尺度海洋酸化效率，以及评估海洋酸化对于澎湖珊瑚礁生态系统的影响。