珊瑚骨骼中的硼同位素比值可做為海水pH值代用指標，可記錄過去百年來海洋酸鹼值變化。珊瑚骨骼中硼同位素組成可用以估算台灣周遭海域海洋pH值，本次研究澎湖南方四島國家公園東吉嶼的微孔珊瑚（Porites, sp.），採集之珊瑚骨骼生長於1990~2008，珊瑚骨骼生長速率約為1.08公分/年。使用X-ray影像拍攝設珊瑚骨骼切片，夏季生長速率高於冬季，因此骨骼密度較高(暗帶)，所觀察的明暗帶辨識此珊瑚骨骼生長輪紋。1999年~2005年澎湖東吉嶼珊瑚骨骼硼同位素組成δ11 B分布從24.9‰至26.7‰，對比附近海水測站pH資料建立澎瑚地區珊瑚骨骼硼同位素與海水pH值的關係公式(α=1.0194)。並估算出變化範圍在pH= 8.1~8.3。夏天硼同位素比值較低指示pH較低。未來將可應用於計算硼瑚長時間尺度海洋酸化效率，以及評估海洋酸化對於澎湖珊瑚礁生態系統的影響。