文昌鱼是研究脊椎动物演化的关键物种，因此了解文昌鱼演化的关系相当重要。鲁卡偏殖文昌鱼是台湾海域的优势种，广布在全球环热带地区。先前的研究根据粒线体COI基因中的DNA片段分析结果，认为鲁卡偏殖文昌鱼分成三个隐蔽种（系群A、B、C），但仍无法以形态来鑑别。系群A分布在印度西太平洋；系群B分布在西与中太平洋；系群C分布在大西洋。而台湾位于系群A及系群B的重叠部位。本实验室已在台湾各地采集鲁卡偏殖文昌鱼并分析其系群的关系，因此本研究欲补足先前的采样点，而到澎湖南方四岛去采样并作更深入的分析。今年五月２８－３０日在南方四岛（西屿坪港口外、东屿坪锚泊点、二塭北、西吉南、东吉之狼）、将军澳屿（三碉）采集29只文昌鱼，其中包含28只鲁卡偏殖文昌鱼、1只马尔代夫侧殖文昌鱼，体长6.9-23.1mm，68.8％鲁卡偏殖文昌鱼个体（11.9-23.1mm）有性腺发育。亲缘关系树分析显示，台湾地区包含澎湖的鲁卡偏殖文昌鱼全属于系群B。单倍型谱系图的分析显示，西太平洋海域的鲁卡偏殖文昌鱼系群B可再分为四个族群：B1、B2、B3、B4。B1可能是Clade B的祖先群，B2由B1衍生分化出来，B2台湾的样本多属于离岛型，B3与B4族群的总个体数少。澎湖与小琉球的的鲁卡偏殖文昌鱼基因组成多元，是唯二有三个族群的样点，推测是鲁卡偏殖文昌鱼重要的基因交流点。