文昌魚是研究脊椎動物演化的關鍵物種，因此了解文昌魚演化的關係相當重要。魯卡偏殖文昌魚是台灣海域的優勢種，廣布在全球環熱帶地區。先前的研究根據粒線體COI基因中的DNA片段分析結果，認為魯卡偏殖文昌魚分成三個隱蔽種（系群A、B、C），但仍無法以形態來鑑別。系群A分布在印度西太平洋；系群B分布在西與中太平洋；系群C分布在大西洋。而台灣位於系群A及系群B的重疊部位。本實驗室已在台灣各地採集魯卡偏殖文昌魚並分析其系群的關係，因此本研究欲補足先前的採樣點，而到澎湖南方四島去採樣並作更深入的分析。今年五月２８－３０日在南方四島（西嶼坪港口外、東嶼坪錨泊點、二塭北、西吉南、東吉之狼）、將軍澳嶼（三碉）採集29隻文昌魚，其中包含28隻魯卡偏殖文昌魚、1隻馬爾地夫側殖文昌魚，體長6.9-23.1mm，68.8％魯卡偏殖文昌魚個體（11.9-23.1mm）有性腺發育。親緣關係樹分析顯示，台灣地區包含澎湖的魯卡偏殖文昌魚全屬於系群B。單倍型譜系圖的分析顯示，西太平洋海域的魯卡偏殖文昌魚系群B可再分為四個族群：B1、B2、B3、B4。B1可能是Clade B的祖先群，B2由B1衍生分化出來，B2台灣的樣本多屬於離島型，B3與B4族群的總個體數少。澎湖與小琉球的的魯卡偏殖文昌魚基因組成多元，是唯二有三個族群的樣點，推測是魯卡偏殖文昌魚重要的基因交流點。