东沙岛微生物菌相分析及研究

  • 2014-01-09
计画期程 2012-05-31 ~ 2013-12-31
计画名称 东沙岛微生物菌相分析及研究
学       校 国立中山大学海资系
研究人员 孙鼎杰
指导教授 邱素芬
关  键  词 Dongsha island、16S rDNA、DGGE
摘       要 介绍 东沙群岛特殊的环礁结构以及位在纬度较低的地带，孕育了种类众多的珊瑚、藻类、鱼类、还有其他的生物等，在这样的环境之下也有许多的微生物生存。也因为东沙岛与台湾有不同的气候环境，而且少有人为的活动也没有过多的污染，因此保留较为原始的天然环境，然而目前对于东沙岛微生物菌相的研究报告并不多。因此，本次的研究是要对东沙群岛的菌相做一些初步的调查分析，主要是先以该岛的潟湖和周边水域做为采样地点，并对所采集的微生物做简单的分类、亲缘关系的探讨，以及物种定序比对。 研究方法过程 将采集的海水用无菌过滤瓶以0.22m的无菌滤纸过滤，萃取残留在膜上的微生物DNA，利用聚合酶链锁反应 (PCR) 专一的引子放大其 16S rDNA 片段，纯化后送入载体，利用colony PCR反应确认有转殖成功菌落，再配合变性梯度电泳- (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis，DGGE)，筛除可能重复的序列片段，送至生技公司定序，再将定序结果与 National Center for Biotechnology Information (NCBI) 网站的数据库进行比对，依照相似度判断可能的菌种。 结果 根据 DGGE 条带数计算结果，东沙岛周围以采样点1的18条最多、采样点2的10条最少，小潟湖以采样点7的19条最多、采样点5的6条最少；以DGGE条带相似度显示，东沙岛周围采样点2、采样点3较为类似，采样点1、采样点4较为类似，小潟湖采样点5、采样点6、采样点7较为相似。由各采样点的菌相分布来看，东沙岛周围以 Gammaproteobacteria占最多、Alphaproteobacteria 其次，小潟湖以 Gammaproteobacteria 占最多、Bacteroidetes 其次；将序列比对后的菌相结果分类，显示 Cytophaga-Flexibacter-Bacteroides (CFB) group、Chloroflexi、Chroococcales、Cyanobacteria的菌种，只出现在东沙岛周围的采样中，Epsilonproteobacteria、Bacteroidete、Anaerolineae、Thermomicrobia 的菌种，只出现在东沙岛小潟湖的采样中，两部份各有其独特菌种。