何(2017)提出东沙环礁潟湖的仔稚鱼之群聚分布，对环礁潟湖及东沙岛的小潟湖之仔稚鱼进行每个月的采集，研究结果显示春季(4月)仔稚鱼的丰度最高、夏末秋初(8月和9月)丰度次高，主要优势物种为鰕虎科、天竺鲷科及雀鲷科。本次计画以次世代定序结果与东沙环礁潟湖的仔稚鱼之群聚分布(何,2017)之仔稚鱼资讯做比较，以评估次世代定序方法与传统外部形态鑑定之差异，也重新确认环礁潟湖中水层与东沙岛的小潟湖之仔稚鱼种类是否有存在差异，以此结果探讨东沙潟湖对环礁内鱼类的影响。本次计画以次世代定序方法调查，结果共计36科84属130种，同时重新检视在空间与时间上仔稚鱼群聚的情形，发现小潟湖(ST6)的仔稚鱼科数量与何(2017)不一致，且经由MDS分析结果显示东边(ST3M)和北边(ST4M)群聚在一起，其结果有利于鱼类于东沙的资源利用、物种分布以及生态重要性等面向的讨论，做为日后保育管理的参考依据。