何(2017)提出東沙環礁潟湖的仔稚魚之群聚分佈，對環礁潟湖及東沙島的小潟湖之仔稚魚進行每個月的採集，研究結果顯示春季(4月)仔稚魚的豐度最高、夏末秋初(8月和9月)豐度次高，主要優勢物種為鰕虎科、天竺鯛科及雀鯛科。本次計畫以次世代定序結果與東沙環礁潟湖的仔稚魚之群聚分佈(何,2017)之仔稚魚資訊做比較，以評估次世代定序方法與傳統外部形態鑑定之差異，也重新確認環礁潟湖中水層與東沙島的小潟湖之仔稚魚種類是否有存在差異，以此結果探討東沙潟湖對環礁內魚類的影響。本次計畫以次世代定序方法調查，結果共計36科84屬130種，同時重新檢視在空間與時間上仔稚魚群聚的情形，發現小潟湖(ST6)的仔稚魚科數量與何(2017)不一致，且經由MDS分析結果顯示東邊(ST3M)和北邊(ST4M)群聚在一起，其結果有利於魚類於東沙的資源利用、物種分布以及生態重要性等面向的討論，做為日後保育管理的參考依據。