本处完成今(106)年度所辖澎湖南方四岛国家公园珊瑚礁总体检调查，整体而言本年度的珊瑚礁总体检调查结果，珊瑚平均复盖率约60%，虽较105年(64.5%)略为下降，但整体而言珊瑚复盖率仍高于健康珊瑚礁标准(50%)，惟指标性生物数量仍偏低，显示仍承受一定的采捕及环境压力，在环境保育课题上，仍需持续努力。
本处为了能进行环境长期的变迁分析，自102年起持续在国家公园范围内主要的4座岛屿设置固定样站进行调查，本年度调查结果，东吉屿、西吉屿、东屿坪屿及西屿坪屿珊瑚共9个测站，各岛平均复盖率分别为63.1%、47.2%、61.0%及68.8%，最高为东吉屿东侧80.6%，最低为西吉屿东侧21.25%，总平均为60.0%，但整体而言均较105年调查结果下降，由于105年全球性的海水暖化，造成各海域陆续传出珊瑚发生大白化现象，是自87年来影响最剧的一年，澎湖南方四岛海域珊瑚群聚以轴孔珊瑚及叶形表孔珊瑚为主，本身即对温度变化较为敏感，而该海域在105年夏季后亦陆续发现珊瑚白化的现象，因此推测有其关联性，又该年度6-9月有3个直接侵袭澎湖的台风，包含强台莫兰蒂及中台梅姬及尼伯特，因此在此较大尺度的环境变动下，影响珊瑚的生长，其中又以软珊瑚更为明显，也可能是造成西吉屿今年东边测站珊瑚复盖率下降的原因。
在指标生物方面，多数测站除蝶鱼、砗渠贝符合标准值外，其它鱼类及无脊椎动物数值偏低甚至为0，但经过数年持续监测，大型经济性鱼类鹦哥鱼及石斑数量虽未符标准但有略有增加，而前几年受到大量采捕的黑海蔘及荡皮蔘受到澎湖县政府的保护，数量已大幅回升，而本年度9条测站周边均未发现棘冠海星。
澎湖南方四岛国家公园海域生态之丰富已日渐受到国人重视，前往当地的水域游憩活动也日渐增加，因此再次呼吁游客在体验海洋活动前，应了建立正确的亲海知识，听从活动指导员的解说，避免自己不经意的动作造成脆弱珊瑚礁的损害。
保育研究课