澎湖南方四島包含東嶼坪、西嶼坪、東吉嶼與西吉嶼，其蘊含三大特色：1.傳統建築與島嶼文化、2.海洋生物多樣性生態資源、3.特殊玄武岩火山地景。海管處在兼顧資源保育與當地居民權益原則下，以永續生態島嶼為目標，積極推動澎湖南方四島國家公園成立。

「澎湖南方四島海洋國家公園可行性評估及範圍劃設說明書」於100年12月29日經行政院經濟建設委員會審議原則通過，並已完成辦理機關協調會與民眾意見說明會，彙整多方意見於102年完成計畫書之撰寫並依程序陳報審議，103年3月10日行政院核定「澎湖南方四島國家公園計畫」書、圖。內政部同年5月28日公告，6月8日生效，澎湖南方四島國家公園成為我國第9座國家公園。

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