蘭嶼得天獨厚的地理環境及多樣的自然生態，孕育出豐富的昆蟲資源，根據研究，蘭嶼、綠島的昆蟲相雖然有部分的種類與台灣相似，但最主要的來源還是來自於菲律賓群島。在長期的地理隔離下，形成許多特有種，蘭嶼是研究台灣本島和鄰近地區昆蟲之生物地理學的理想島嶼。

島上最引人注目的，莫過於絢爛亮麗的珠光鳳蝶，雄蝶尾翅在陽光下折射出黃、藍、綠色及珍珠色的光澤相當漂亮，2007年曾獲選為台灣最美麗的蝴蝶。灌木叢上，球背象鼻蟲渾圓黑亮的球身上鑲著藍綠色金屬光澤的圓點或線條，十分可愛迷人。蘭嶼還有多樣的甲蟲、蜻蜓可以觀察，而特有種的蘭嶼大葉螽蟖，和目前台灣地區發現最大型的竹節蟲-蘭嶼筒胸，都是值得觀察的昆蟲。

此外，蘭嶼尚有許多獨特的動物，如純白幾近透明色的蘭嶼光澤蝸牛素有蘭嶼最純潔生命的動物之稱；夜間活躍於森林中的蘭嶼角鴞，全世界只分布在蘭嶼，目前被列為珍貴稀有的保育類動物等等，都值得我們關注。