海洋國家公園管理處(以下簡稱海管處)為避免頭巾嶼燕鷗受到民眾之干擾，目前不開放一般民眾登島。另為發揮環境教育功能，同意進入頭巾嶼延伸之海蝕平台之人數，每日調整為60人。

海管處受澎湖縣政府委託管理澎湖南海玄武岩自然保留區(包括東吉嶼、西吉嶼、頭巾嶼、鐵砧)，頭巾嶼依南海玄武岩自然保留區之公告，僅開放學術研究及專案調查作業之人員進入，並不開放一般遊客申請進入。上述研究及調查每日承載量規定為30人，另因考量該區為燕鷗重要棲息及繁殖地，為避免干擾燕鷗之生態，目前僅同意限量的民眾進入頭巾嶼自然保留區延伸之海蝕平台。今為滿足推動環境教育之量能，同時也能加強保育之效果，並兼顧澎湖南方四島社區舉辦環教活動的要求，該「海蝕平台」每日同意進入的人數，由現行30人調整為60人並禁止進入自然保留區。相關申請資訊及表格可至海管處官網查詢。

海管處提醒進入頭巾嶼海蝕平台活動前應注意潮汐時間，同時注意海象變化，活動期間禁止捕捉生物及餵食、干擾燕鷗，也不要遺留垃圾，請遊客務必遵守相關規定，愛護美麗的環境。