有關106年10月11日報載海管處對行政院和立法委員相應不理1事，本處說明如下：
　　關於指稱本處對行政院和立法委員相應不理1節，查本處從未收到任何來自行政院和立法委員的指示或開會通知；至於行政院提點子網站成案之澎湖南方四島東、西吉嶼海域劃設為完全禁漁區1案，無論是行政院農業委員會或行政院政務委員召開的會前會，本處均由處長親自參加，所稱「相應不理」，純屬臆測之說，特予澄清。
　　關於指稱本處抵制保七總隊第七大隊蕭再泉小隊長推動澎湖南方四島東、西吉嶼海域劃設為完全禁漁區1節，查東、西吉嶼海域劃設為禁漁區以保護當地漁業資源，與國家公園以保育為核心價值之工作目標相符，故自103年6月8日公告實施起即向民間租賃工作巡護艇1艘，提供東吉管理站及警察小隊共同使用，本處感佩蕭小隊長投入資源保育之精神，向來予以正面肯定與全力支持，並無所稱抵制情事，併予澄清。
　　前項租用之工作巡護艇於106年8月間故障，出租船艇廠商無法提供符合契約規定之船艇供管理站及警察小隊使用，本處除依契約規定辦理解約外，並即依政府採購法另租巡護艇於106年8月31日提供現地巡護使用。另，為強化園區內相關經營管理與巡護工作，本處並已斥資建置工作巡護船1艘，預計107年3-4月間即可下水執行勤務。
　　國際間推動海洋保護區經驗，尚有賴周邊社區居民支持與合作，始有效達到海洋資源永續利用之目標。在推動海洋保育過程，期望平衡漁民權益及觀光轉型，以取得共識與支持。目前本處已籌集經費將於107年辦理海域遊憩規劃，以發展四島周邊水域遊憩活動，並策劃社區居民培力，例如解說導覽，潛水、導遊等訓練課程，協助漁民轉型娛樂漁業，以期能澎湖南方四島國家公園海洋資源永續經營，增進社區之發展與民眾之收益。
　　針對賴院長提示事項及如何兼顧漁民權益及觀光轉型之平衡，亦已草擬構想，將於10月13日與澎湖縣陳光復縣長交換意見，期望共同為澎湖海洋資源保育、永續漁業與國家公園永續經營，尋求最佳發展方向。