有關多家新聞媒體於本(108)年1月31日報導，略以：「澎湖南方四島國家公園擬設自然人文生態景觀區，實施登島管制收費措施，展開巡迴說明會，因漁民批評海管處劃大餅，抱怨未來漁船進出都要申請等，當場翻桌、摔椅子，雙方不歡而散」1事。海洋國家公園管理處提出說明。
　　「澎湖南方四島國家公園」於103年6月成立後，遊客量大幅成長，統計100至102年前往南方四島每年遊客數約4800至8200人，至107年全年遊客數已達38000人；因既有遊憩方式多由馬公南海遊客中心搭乘觀光遊艇前往七美等觀光，順道於東吉、東嶼坪短暫停留，以走馬看花式的進行島上遊憩活動，過去社區民眾多有反應遊客到訪，消耗地方水、電資源外，對於地方經濟並無實質助益。
　　行政院於公共政策網路參與平台討論後，續於106年12月13日召開記者會交辦內政部推動「澎湖南方四島國家公園劃設為自然人文生態景觀區」，係為協助地方轉型，並輔導發展生態旅遊及導覽解說活動，依據「發展觀光條例」等相關規定，籌劃澎湖南方四島國家公園成為「自然人文生態景觀區」，研擬培訓社區居(漁)民轉型成為專業導覽人員；未來遊客進入澎湖南方四島須申請並由當地專業導覽人員陪同下，每團體以20人(含以下)須付費2,400~3,600元。換言之，透過劃設「澎湖南方四島自然人文生態景觀區」，輔導並培訓當地居民成為專業導覽人員，除收取導覽費用外，亦能提供遊客導覽解說服務，深入瞭解澎湖南方四島特殊的歷史、人文、海島風情。
　　海管處表示，於本年1月30日在澎湖縣望安鄉東吉與東嶼坪各舉辦一場說明會，據了解東吉社區少部份民眾認知疑遭扭曲並鼓動，擔心劃設後將限制海上漁業活動，因而發生鬧場情事，民眾抗議行為短暫中斷說明會進行，在恢復會場秩序後，海管處重申現階段國家公園海域有關漁業資源管理，仍依據澎湖縣政府公告相關漁業規定辦理，本次推動自然人文生態景觀區劃設並無涉禁漁事項。社區民眾事先因不了解規劃推動內容，後經海管處說明後逐漸回復平和，並能踴躍表達意見。
海管處表示，辦理說明會就是要聽取社區民眾意見，且國家公園設立後，雖完成多項公共服務設施，如涼亭與步道改善，興建海水淡化廠二座與送水到府接管工程、公廁改建等，然相關基礎建設尚未能一步到位，符合社區期待。未來仍將積極與地方政府機關協調共同推動，以期望建設南方四島成為海上樂園之目標。