本處與國立中山大學東沙國際海洋研究站完成今(106)年度東沙環礁國家公園海域珊瑚礁總體檢調查，本年度的東沙環礁珊瑚礁總體檢調查結果，珊瑚平均覆蓋率約63%，環礁外測站主要受颱風風浪影響，珊瑚覆蓋率略有異動，潟湖則因海水交換差珊瑚覆蓋率普遍偏低，仍以耐壓型的團塊珊瑚或葉片形珊瑚為主。

　　東沙環礁國家公園位於南海之北，由東沙島及巨大的環狀礁台組成，周圍海水水深急遽下降，海水交換良好，因此有利珊瑚礁生長，本處與中山大學本年度共同進行8個固定測站共10條測線調查，礁台外的測站以南礁台珊瑚覆蓋83.75%最佳，其次為東礁台76.25%、北礁台61.25%，西礁台60%，潟湖內則內則因半封閉性的環境，水流交換不佳，夏季海水溫度偏高且懸浮微粒高不利珊瑚生長，5條測線珊瑚覆蓋率平均僅33%，珊瑚復原腳步仍較為緩慢。

　　本年度調查結果發現環礁外側的調查測站以南礁台最佳，珊瑚覆蓋率高，多由桌形或盤形珊瑚、表覆型珊瑚等能抗海流的低矮形珊瑚組成，而北礁台及東礁台測站則發現受去年下半年及今年前半年侵襲東沙的颱風影響，珊瑚覆蓋率略為下降，尤其北礁台105年度調查時89.0%的覆蓋率，今年已掉落至61.25%，在測線上亦可觀察到許多珊瑚被移除後裸露出的岩石基底，由於北礁臺測站是以軟珊瑚為主要組成，因此較容易受颱風風浪影響而脫落，此現象尤其在水深5-6米以內更明顯。環礁潟湖內珊瑚生長則有幾個不同類型，潟湖底部除因水溫偏高，高懸浮微粒亦造成光線穿透力不足，因此仍不適珊瑚生長，依舊遍佈死亡珊瑚碎片，覆蓋率約0-20%，但部分區域則有大面積的的片棘孔珊瑚生長，以東沙島東的測站來說，覆蓋率高達85.63%，但線上幾乎只有此類珊瑚，間雜一些耐高溫及高懸浮微粒的蕈珊瑚及團塊型珊瑚。而潟湖內由團塊型珊瑚構成的塊礁上珊瑚覆蓋率稍佳，約22-38%，由於潟湖內水溫偏高，因此珊瑚組成仍以耐環境壓力的微孔珊瑚、菊珊瑚、管孔珊瑚等為主，此類珊瑚多生長緩慢，因此珊瑚復原較慢，為此本處也在潟湖內陸續進行珊瑚復育的工作，在潟湖內尋找能耐較高水溫的軸孔珊瑚品係，並進行移植，以增加棲地的多樣性。

　　在指標生物方面，多數測站仍以蝶魚、硨渠貝符合標準值，由於環礁外側站珊瑚生長多為低矮叢生狀，魚類棲息空間有限，因此還是以小型魚類為主，大型魚類缺少躲避空間，多來來去去，定棲型的魚較少，但反之，環礁潟瑚內因塊礁有較多的棲息空間，因此反而可以觀察到較多的大型魚類，如鸚哥魚、石鱸、刺尾鯛等，而整體指標魚類以南礁臺測站較為符合標準，而無脊椎動物除硨磲貝外，其它生物均不易見。東沙環礁國家公園除珊瑚礁外，亦有廣大的海床，同樣是重要的海洋生態系之一，目前也在進行開放生態旅遊的評估方案，期待有朝一日，能早日與國人見面。

東沙環礁國家公園歷年珊瑚礁覆蓋率調查結果

東沙環礁南礁臺珊瑚生長極佳，魚類豐度及多樣性亦高

北礁臺測站受颱風影響，測線上部分軟珊瑚已被移除，裸露出下方的岩礁

潟湖底部珊瑚佈滿死亡珊瑚碎片

環礁潟湖內部分地區已被片棘孔珊瑚覆蓋

潟湖內塊礁構成的立體空間多，大型魚類常在此間游移