隨著具主題性的生態旅遊興起，使澎湖南方四島國家公園的旅客數量增長，並衍生出遊憩負面衝擊，為使國家公園能兼顧保育和教育目標，故本研究以建置澎湖南方四島國家公園之生態旅遊標章認證系統架構為目的，期協助管理單位進行未來可能與從業人員、社區共擬標章之參考依據。本研究以修正式德爾菲法建立生態旅遊之指標項目，包含5大決策指標、12項分項指標及34項子項指標，並經15位專家學者之層級分析評比得出各指標之權重值及重要程度排序。研究結果顯示決策指標中最為關鍵的要素為營運與管理計畫（0.30738），其次為責任旅遊（0.26355），分項指標中以營運管理計畫（0.19499）最高，接續為生態旅遊規劃（0.12384），而子項指標層中則以尊重當地傳統習俗（0.29246）權重值最高，其後為營運和行銷計畫（0.28469）。依此結果可知南方四島國家公園生態旅遊標章決定性的審核因子為旅遊經營業者或社區組織之營運管理計畫。