根據研究軟體動物門可分為八個綱，它的分類與形態如下。
- 多板綱 (Polyplacophora)
石龞為其代表，身體扁平而呈橢圓形，外套膜露於體表，背部有八片殼板呈覆瓦狀排列著，沒有觸角和眼睛，有數對鰓排列於體側鰓溝中，口中有齒舌，神經系呈梯狀，均為海產，棲於岩礁岸，以藻類為食，臺灣約產十種。 - 腹溝綱(Caudofoveata)及尾腔綱(Solenogastrea)
身體細長，頭部有口，但沒有眼睛和觸角，腹部中央有縱溝，背部藏有角質鱗片或小棘，齒舌很小或退化，無鰓以表皮呼吸，臺灣尚未發現。 - 單殼綱(Monoplacophora)
具有扁笠形貝殼，沒有眼睛和觸角，但有五對鰓，口中有齒舌，神經系成環狀，但現生種只有三種，產於深海底，台灣尚未發現。 - 腹足綱(Gastropoda)
身體分頭部、內臟部及腹足，頭部發達而且有眼和觸角，口中有發達的齒舌，腹足發達而善於爬行，外側具外套膜所分泌製成的貝殼。貝殼多呈螺旋型，有右旋和左旋之分，常有口蓋可封閉殼口。腹足綱種類繁多，有肉食者、草食者和雜食者，有海產、淡水產及陸產，臺灣產約一千七百種。 - 掘足綱（Scaphopoda）
具有管狀或象牙狀貝殼，貝殼微彎而兩端開口，肉足從大的一端伸出，可以挖掘泥沙而移動。口中有齒舌，但沒有眼睛和觸角，鰓亦退化。種類少，均為海產，棲於泥沙底，俗稱象牙貝，臺灣產種類數不詳。 - 雙殼綱（Bivalvia）
即斧足綱、瓣鰓綱或稱二枚貝，身體側扁，雙殼包被保護身體，缺頭部、眼睛和觸角，以水管用來呼吸濾食，斧足伸出殼外，以閉殼肌及韌帶的拮抗作用控制雙殼的開閉來運動。雙殼貝種類眾多，如可食用的海產貝類如文蛤、牡蠣，竹蟶及西施舌等，淡水產的如石蚌、青蚌及蜆，台灣約產六百種。 - 頭足綱（Cephalopoda）
頭足綱包括章魚、烏賊、魷魚、鎖管和鸚鵡螺等具腕足的軟體動物，頭部和眼睛發達，多數具靈活的噴射運動，全為肉食性，外殼退化，如重要食用的海產烏賊與魷魚，而具有真正的貝殼的種類只有產於西南太平洋的深海中的鸚鵡螺。