出版品
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島嶼之歌: 澎湖南方四島手護之路
澎湖南方四島國家公園在步道志工幫助下，2020至2022年期間完成東嶼坪嶼前山步道、東吉嶼八卦山步道及東宮步道。3條風景截然不同的路線，串起了島上的節點、地景，以及人與土地的情感，島上居民也獲得鼓勵，增添未來推動生態旅遊的信心。走在步道，我們對過去的文化及歷史有更深的理解，也對國家公園尊重自然的精神與價值，有進一步的體會。
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澎湖南方四島大型甲殼動物解說手冊
澎湖南海，東吉嶼、西吉嶼、東嶼坪嶼及西嶼坪嶼周邊海域生態資源豐富，在103年正式公告成立為我國第9座國家公園。本書由國立海洋生物博物館林嘉瑋研究團隊，深入潮間帶與亞潮帶尋找各種甲殼動物，並將調查成果以圖文並茂方式，彙整成書，希望能將各種生態之美介紹給讀者。
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澎湖南方四島國家公園海洋環境教育方案(國小4-6年級/一般大眾/親子)
本手冊延續先前認識澎湖南方四島之體驗課程，將島嶼資源特色整合成4套課程，包含：透過擲骰走格的任務，模擬從馬公出發前往澎湖南方四島國家公園路線的「漫遊四島」；在低光害的場域進行「東吉定向追星趣」，享受國家公園靜謐的星空之美；「四島奇景玄武岩」則透過實地之特殊地景來瞭解玄武岩的形成及島民生活上的運用；以及利用五感與觀察，了解島嶼植物生命韌性的「東吉植物探」。一系列以島嶼為主軸的課程設計，希望讓使用者可以透過不同的主題來認識澎湖南方四島國家公園，也歡迎大家能前進到島上，一同感受真實的海洋生態、地形景觀與歷史人文。
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海底的移動堡壘: 澎湖南方四島國家公園棘皮動物圖鑑
介紹澎湖南方四島國家公園範圍內之棘皮動物。
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澎湖南方四島鳥類生態解說手冊
針對澎湖南方四島國家公園內過境鳥種依季節進行解說介紹。
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澎湖南方四島國家公園魚類生態圖鑑
介紹澎湖南方四島國家公園海域範圍內之魚類。
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他鄉‧故鄉─澎湖南方四島紀行
澎湖南方四島這個地方，涵養著各式各樣的人們，有些人土生土長於此，有些人則是在某個生命的十字路口上，開始與這些島嶼有所交集，並用自己的姿態生活在其中．隨著澎湖南方四島國家公園成立之後，島上的原鄉人與國家公園之間的互動，亦是彼此全新的課題與學習．作者吳明翰將透過《 他鄉、故鄉 》澎湖南方四島紀行一書，為您介紹臺灣第九座國家公園：澎湖南方四島國家公園裡人與土地的故事之外，也將透過四部島嶼人文報導短片，介紹這座國家公園裡工作的日常，並分享如何與鄉親合作，攜手留住島嶼文化記憶背後的故事。
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澎湖南方四島海洋生物簡冊增修版：藻類、無脊椎動物
本書介紹澎湖南方四島國家公園內150種常見海洋生物，並以照片、手繪方式呈現細節，以利民眾快速分辨相似物種。
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野有蔓草：澎湖南方四島植物圖鑑
澎湖南方四島擁有壯麗的地質景觀與豐富的海洋生態，亦保有具特色的傳統建築風貌，近年吸引了許多遊客尋幽探訪。在這些造訪之中，想必遊客們都會在蹊徑小路或通往東吉燈塔的步道旁，遇見當地美麗且特殊的植物，未必都能留待細看。根據我們近年來的研究，在澎湖南方四島國家公園中，共記錄64科178屬268種植物，其中包刮162種原生種。儘管是環境嚴峻的蕞爾小島，但許多物種仍然生生不息，只要我們肯放慢腳步，仔細觀察海濱沙地、方山岩等不同環境下的植物，就能領略其生存的本領及智慧。
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潛往東沙環礁
介紹東沙環礁國家公園適合浮潛及潛水的地點，及各潛點的潛場等級、地理環境、特色生物、海流、適合停留時間、GPS位置及安全注意事項等相關資訊。